3 Quyết định 651/QĐ-BGTVT năm 2023 bao gồm:
- Phòng Kế hoạch - Đầu tư.
- Phòng Tài chính.
- Phòng Tổ chức cán bộ.
- Phòng Quản lý cảng hàng không, sân bay.
- Phòng Tiêu chuẩn an toàn bay.
- Phòng Quản lý hoạt động bay.
- Phòng Vận tải hàng không.
- Phòng An ninh hàng không.
- Phòng Khoa học, Công nghệ và Môi trường.
- Phòng Pháp chế - Hợp